İstanbul İl Tarım ve Orman Müdürlüğü’nün kurumsal temelleri, 19. yüzyılın ortalarında Osmanlı İmparatorluğu döneminde başlatılan tarım ve hayvancılık politikalarının kurumsallaşmasına dayanmaktadır. Bu dönemde kurulan Ziraat Nezareti’nin taşra teşkilatları, modern tarım uygulamalarının yaygınlaştırılmasında öncü rol oynamıştır.
Cumhuriyetin ilanıyla birlikte, 1924 yılında kurulan Ziraat Vekâleti (Tarım Bakanlığı) bünyesinde İstanbul’da İl Ziraat Müdürlükleri teşkil edilmiştir. 1983 yılında çıkarılan Kanun Hükmünde Kararnameler ve ardından 06/03/1985 tarihli 3161 sayılı yasa ile Tarım, Köyişleri ve Orman Bakanlıkları yeniden yapılandırılmış, bu kapsamda İstanbul’da Tarım Bakanlığı’na bağlı sekiz birimin birleştirilmesiyle İl Tarım Müdürlüğü kurulmuştur.
1992 yılında çıkarılan 441 ve 442 sayılı Kanun Hükmünde Kararnameler ile Orman Bakanlığı yeniden ayrı bir yapıya kavuşturulmuş, İstanbul İl Müdürlüğü ise Tarım ve Köyişleri Bakanlığı'na bağlı olarak faaliyetlerini sürdürmüştür.
2003 yılında yürürlüğe giren 3046 sayılı Kanun ve devamında gelen idari reformlarla birlikte, tarım, hayvancılık, gıda güvenliği, su ürünleri, bitki ve hayvan sağlığı gibi hizmet alanları tek çatı altında toplanmıştır. Bu düzenlemeler doğrultusunda, 2011 yılında kurulan T.C. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı'na bağlı olarak İl Müdürlüğümüz “İstanbul İl Gıda, Tarım ve Hayvancılık Müdürlüğü” adını almıştır.
10 Temmuz 2018 tarihli 1 Nolu Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı ile Orman ve Su İşleri Bakanlığı’nın birleştirilmesiyle T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı kurulmuştur. Bu birleşmeyle birlikte İl Müdürlükleri yeniden yapılandırılmış ve Müdürlüğümüz “İstanbul İl Tarım ve Orman Müdürlüğü” adını alarak orman idaresiyle entegre bir yapıya kavuşmuştur.
Bugün İstanbul İl Tarım ve Orman Müdürlüğü; kentsel ve kırsal alanların iç içe geçtiği İstanbul’un özgün yapısı çerçevesinde, tarımsal üretimi destekleyen, kırsal kalkınmayı teşvik eden, gıda güvenliğini ve hayvan refahını önceleyen, doğal kaynakların sürdürülebilir kullanımını esas alan bir yaklaşımla görevini sürdürmektedir. Tarım, hayvancılık, gıda, su ürünleri ve orman alanlarında çok yönlü ve yenilikçi projeler yürüterek, İstanbul’un tarımsal geleceğine katkı sağlamaya devam etmektedir.