Entegre mücadele; hastalık, zararlı ve yabancı otların çevre ile ilişkilerini dikkate alarak tüm mücadele metotlarının birbiriyle uyumlu bir şekilde kullanılması ile popülasyon yoğunluklarını Ekonomik Zarar Seviyesinin altında tutan zararlı yönetim sistemidir. İnsan sağlığına faydası, çevreyi koruması, doğal kaynakların sürdürebilir olması, üretimde devamlılığın sağlanması entegre mücadelenin prensipleri arasında yer almaktadır.
Tarım Bakanlığımızın örtüaltı entegre mücadele projesi kapsamında; İlimizde örtüaltında domates, biber, patlıcan, hıyar, fasulye ürünlerinde 121,04 dekar alanda, 27 köyde, Beykoz, Çatalca, Çekmeköy, Eyüpsultan, Pendik, Sarıyer, Silivri, Şile ve Tuzla ilçelerinde ve 61 üreticiyle entegre mücadele çalışmaları yürütülmektedir.
Projede yer alan üreticilerin kontrolleri üretim sezonunun başından hasat sonuna kadar İl Müdürlüğümüz tarafından yapılmaktadır. 2021 yılı üretim sezonunda başarılı olan üreticilere İstanbul Tarım İl Müdürlüğümüz tarafından "Entegre Mücadele Üretici Sertifikası" hazırlanmıştır. Beykoz, Çatalca, Çekmeköy, Eyüpsultan, Pendik, Sarıyer, Silivri, Şile ve Tuzla ilçelerinde 61 üreticiye sertifika dağıtılmaya başlanmıştır.